Plus dangereux ou moins sévère ? Le coronavirus a subi deux mutations importantes

SANTÉ

ACTUALITÉClassé sous :CORONAVIRUS , SARS-COV-2 , SARS-COVLire la bioCéline DeluzarcheJournaliste

Publié le 07/05/2020

Deux nouvelles souches du coronavirus Sars-Cov-2 ont été identifiées. La première, apparue en Europe, est aujourd’hui prédominante dans le monde et expliquerait la propagation accrue du virus par rapport sa version originale chinoise. Une deuxième mutation a entraîné l’effacement complet de certaines séquences, suggérant un affaiblissement du virus.Vous aimez nos Actualités ?Inscrivez-vous à la lettre d’information La quotidienne pour recevoir nos toutes dernières Actualités une fois par jour.

Voilà de quoi brouiller un peu plus la compréhension du coronavirus à l’origine du Covid-19 : de nouvelles souches ont été identifiées, mais elles produisent des conclusions contradictoires : l’une serait plus dangereuse que l’originale, l’autre montrerait à l’inverse un possible affaiblissement du virus. On sait que le virus subit en permanence de nombreuses mutations : selon le Centre national de Bio-information chinois, plus de 7.551 mutations ont été enregistrées.

La plupart affecte des parties du génome sans intérêt, mais certaines influent sur la fonction même du virus. Des chercheurs chinois ont ainsi montré récemment que certaines souches sont 270 fois plus virulentes que les autres, ce qui expliquerait en partie pourquoi certaines personnes sont plus sévèrement touchées que d’autres.La fréquence à laquelle cette mutation se propage est alarmante

Une nouvelle étude du laboratoire national de Los Alamos, pré-publiée sur le site bioRxiv, a trouvé 14 mutations sur les protéines de pointe à la surface du virus, celles qui servent au virus à pénétrer dans la cellule. En remontant l’arbre phylogénétique des mutations, les chercheurs ont découvert que l’une d’elles a commencé à se répandre en Europe au mois de février 2020 et a rapidement pris le dessus.

C’est cette même souche qui a gagné la côte Est des États-Unis et qui est à l’origine de l’épidémie à New York. Elle serait aujourd’hui majoritaire dans le monde depuis mars. « Lorsque [cette nouvelle souche] est introduite dans une région, elle devient rapidement la forme dominante, atteste Bette Korber, biologiste et auteure principale. La fréquence à laquelle cette mutation se propage est alarmante. »

La mutation G614 (en bleu) s’est répandue à vitesse fulgurante durant le mois de mars, prenant le dessus sur la souche originale de Wuhan (orange). © Bette Korber et al, bioRxiv, 2020

La mutation G614 (en bleu) s’est répandue à vitesse fulgurante durant le mois de mars, prenant le dessus sur la souche originale de Wuhan (orange). © Bette Korber et al, bioRxiv, 2020 

Non seulement cette souche se répand plus rapidement que la version chinoise originale, suggérant un avantage compétitif, mais elle rendrait les personnes plus vulnérables à une seconde infection, avance l’étude. « Nous avons découvert des recombinaisons entre des souches circulant localement, ce qui indique des infections à souches multiples », détaillent les chercheurs qui ont passé en revue plus de 6.000 séquences. Ces mutations à répétition pourraient compromettre la mise au point d’un vaccin, surtout ceux dirigés vers les protéines de surface, concluent-ils.

Sur une souche du virus, 81 bases ont été effacées, ce qui pourrait entraîner son affaiblissement et sa disparition. © vchalup, Adobe Stock

Sur une souche du virus, 81 bases ont été effacées, ce qui pourrait entraîner son affaiblissement et sa disparition. © vchalup, Adobe Stock 

Des morceaux de génome ont complètement disparu

Encore en préparation, une autre étude est, quant à elle, beaucoup plus optimiste. Menée par l’université d’Arizona et parue dans le Journal of Virology, elle devrait « susciter l’intérêt de la communauté scientifique du monde entier, y compris de l’Organisation mondiale de la Santé », dès lors qu’elle sera publiée sur un site officiel, s’enthousiasme Efrem Lim qui a dirigé l’équipe de recherche. Les scientifiques ont découvert une mutation dans laquelle 81 bases du génome se sont tout simplement évaporées et « supprimées définitivement du génome ».

Or, c’est ce même phénomène qui avait abouti en 2003 à l’affaiblissement du virus Sars-Cov, puis à à sa disparition. « Durant la phase tardive de l’épidémie, le Sars-Cov a accumulé des mutations qui ont atténué le virus. Le virus affaibli provoque une maladie moins grave peut avoir un avantage sélectif s’il est capable de se propager efficacement dans les populations par des personnes infectées à leur insu », indique Efrem Lim.

L’épidémie de Covid-19 pourrait-elle alors disparaitre d’elle-même ? Il est bien trop tôt pour se prononcer, avancent prudemment les auteurs, d’autant plus qu’on ne connaît pas la fréquence de cette souche. À peine 16.000 génomes du virus ont été séquencés à ce jour, « ce qui représente moins de 0,5 % des souches en circulation », signale Efrem Lim.CE QU’IL FAUT RETENIR

  • Une souche modifiée du virus est devenue largement majoritaire dans le monde en l’espace de quelques semaines.
  • Cette souche dominante se répand bien plus vite que l’originale.
  • Une autre mutation suggère au contraire un possible affaiblissement du virus qui pourrait s’éteindre de lui-même comme celui du Sars-Cov de 2013.

Cela vous intéressera aussi

Interview 3/5 : qu’est-ce qu’un virus mutant ?  Lors de sa réplication, un virus peut muter et devenir plus ou moins virulent pour l’Homme. Ces changements sont aléatoires et imprévisibles. Nous avons interviewé Jean-François Saluzzo, virologiste auprès de l’OMS, afin qu’il nous parle plus en détail de ces mutations et de leur impact sur la santé humaine.